Cục Hàng Hải Việt Nam tiền thân là "Cục Vận tải Đường biển" được thành lập năm 1965 và được sắp xếp và đổi tên thành Cục Hàng hải Việt Nam từ năm 1992.

Sau Cách mạng tháng Tám, ngày 28/8/1945, Chính phủ lâm thời nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra tuyên cáo về trách nhiệm quản lý các ngành giao thông vận tải, kiến trúc, thủy lợi và bưu điện. Đến ngày 03/10/1945, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh số 41 thành lập Bộ Giao thông Công chính (GTCC) trên cơ sở bộ máy của thực dân Pháp để lại (sau khi được cải tạo). Trong phạm vi trách nhiệm của mình, ngày 13/11/1945, Bộ GTCC quyết định thành lập Ủy ban Quản lý thương thuyền, có trách nhiệm quản lý ngành Vận tải thủy trong cả nước: Phụ trách việc đi lại trên sông, biển; xem xét, kiểm tra tàu thuyền, thi hành pháp luật trên tàu…; thu thuế, xét xử những vụ tranh chấp giữa chủ tàu và công nhân... Từ cuối năm 1945, Phòng Vận tải trực thuộc Ủy ban hành chính kháng chiến Nam Bộ cũng được thành lập để quản lý vận chuyển đường bộ, đường sông, đường biển.[2]

Vận tải biển lúc này đảm nhận vận chuyển theo hai chiều: Từ Nam Bộ chở gạo ra khu IV, khu V cứu dân, phục vụ kháng chiến; và chở vũ khí vào Nam.

Tháng 4/1947, quân Pháp chiếm hầu hết các tỉnh Nam Bộ, Nam Trung Bộ. Ủy ban hành chính kháng chiến Nam Bộ đã thành lập Phòng Hàng hải Nam Bộ (Bí danh là “Bộ đội 29”) để duy trì và phát triển vận tải ven biển - con đường duy nhất có thể vận chuyển một số lượng lớn vũ khí và hàng hóa phục vụ cuộc kháng chiến. Năm 1949, Ủy ban mua thêm tàu Sông Lô, chạy tuyến Thái Lan - Singapore, đảm nhận vận chuyển vũ khí, thuốc men, giấy mực... bí mật từ Thái Lan về Cà Mau. Cuộc chiến tranh của Pháp ở Đông Dương đi vào bế tắc, Hoa Kỳ ngày càng can thiệp sâu vào Việt Nam và Đông Dương.

Từ năm 1954 đến 1975, Việt Nam bị chia cắt thành hai miền Nam - Bắc với hai chế độ chính trị xã hội và kinh tế khác nhau. Ở miền Bắc, sau khi tiếp quản thành phố cảng Hải Phòng, trên cơ sở lực lượng vận tải thủy vừa tiếp nhận, ngày 11/4/1956 Bộ GTCC ra nghị định thành lập quốc doanh vận tải sông biển. Ngày 11/8/1956, Bộ GTCC đã ban hành Quyết định số 70/NĐ thành lập Cục Vận tải thủy với chức năng quản lý các luồng lạch sông-biển, bao gồm: quản lý vận tải quốc doanh sông biển; xây dựng và quản lý các xưởng sửa chữa và đóng tàu mới; cải tạo và hướng dẫn vận tải tư nhân…

Trong 3 năm thực hiện phục hồi kinh tế, ổn định đời sống nhân dân (1955-1957), Bộ Giao thông và Bưu điện tiếp tục đầu tư cơ sở vật chất kỹ thuật và tăng cường lực lượng cho vận tải thủy. Từ đây, một số cơ sở ban đầu của ngành Vận tải biển được hình thành. Nhà nước cũng ban hành một số quy định về cước phí ở các cảng, thể lệ về giao nhận, bốc xếp hàng hóa, thể lệ cho các tàu buôn nước ngoài ra vào các cảng Việt Nam, các thể lệ quan hệ của tàu nước ngoài với Công ty Đại lý tàu biển Việt Nam (VOSA), tổ chức tiếp quản tốt những cơ sở bảo đảm hàng hải của chế độ cũ để lại, gồm hàng chục cây đèn biển, có tầm chiếu sáng từ 12 đến 30 hải lý, quản lý vùng biển từ Quảng Ninh đến Quảng Bình với gần 1.000km đường biển. Năm 1960, khối lượng hàng hóa vận chuyển bằng đường biển đạt 230.000 tấn.

Trong quá trình thực hiện kế hoạch 5 năm lần thứ nhất (1961-1965), ngành GTVT có nhiệm vụ xây dựng và củng cố miền Bắc, giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước. Giai đoạn này, Nhà máy Đóng tàu Bạch Đằng đi vào vận hành và đóng mới tàu 20-7 trọng tải 1.000 tấn. Các cảng Hải Phòng, Hòn Gai, Cẩm Phả, Bến Thủy… có thêm nhiều tàu nước ngoài cập bến. Nhà nước tiếp tục đầu tư thiết bị cơ giới, học tập bốc dỡ, mở rộng thêm 10 bến cảng.

Ngày 05/5/1965, Bộ GTVT ra Quyết định 1046 giải thể Cục Vận tải thủy để thành lập Cục Vận tải đường biển và Cục Vận tải đường sông. Từ đó, ngày 05/5 hàng năm trở thành Ngày truyền thống của ngành Hàng hải Việt Nam.

Ngày 10/7/1965, Chính phủ có Quyết định số 136/CP thành lập Cục Vận tải đường biển, gồm các bộ phận: đội tàu biển, hệ thống cảng biển, đại lý hàng hải, bảo đảm hàng hải, công nghiệp sửa chữa cơ khí, xây dựng công trình thủy và trường đào tạo công nhân kỹ thuật đường biển. Ông Lê Văn Kỳ, Giám đốc cảng Hải Phòng, được chỉ định làm Cục trưởng đầu tiên của Cục Vận tải đường biển. Cục Vận tải đường biển ra đời đánh dấu một bước phát triển mới của ngành Đường biển nước ta.

Ra đời trong chiến đấu, với nhiệm vụ quan trọng, nặng nề, nhất là tiếp nhận hàng hóa, vận chuyển chi viện cho công cuộc xây dựng hậu phương miền Bắc, chi viện cho khu IV và chiến trường miền Nam, giai đoạn 1965-1975 ngành Hàng hải đã đóng góp lớn sức người, sức của cho sự nghiệp kiến thiết miền Bắc và giải phóng miền Nam thống nhất đất nước.

Trước yêu cầu phục hồi và tổ chức lại sản xuất của ngành Đường biển, Bộ GTVT ra quyết định giải thể 4 đội tàu và thành lập Công ty Vận tải biển Việt Nam (VOSCO). Ngày 01/7/1970, VOSCO chính thức đi vào hoạt động, là lực lượng chủ lực có trách nhiệm tổ chức các tuyến vận tải Hải Phòng – Hongkong, Hải Phòng – Quảng Châu… Tài sản của Công ty có tới 217 tàu nhưng tổng trọng tải chỉ vẻn vẹn 34.245 tấn; tàu lớn nhất là 3.500 tấn…

Trải qua 3 năm khôi phục và phát triển (1969-1971), công tác vận tải đường biển đã đi vào ổn định, phục vụ kịp thời cho tiền tuyến và xây dựng kinh tế, củng cố hậu phương.

Ngành đã hoàn thành xuất sắc công tác tiếp nhận và vận chuyển bằng đường biển hàng hóa viện trợ của bạn bè quốc tế, lương thực và vũ khí chi viện cho chiến trường miền Nam, nổi bật là chiến dịch vận tải VTB5, là chiến dịch chống phong tỏa bằng đường biển của Mỹ tại cảng Hải Phòng và một số cảng biển miền Trung, là công trình khoa học chế tạo thiết bị rà phá thủy lôi từ tính và bom từ trường bảo đảm giao thông giai đoạn 1967 - 1972 (Công trình này đã được trao tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh năm 1996).

Miền Nam hoàn toàn giải phóng, non sông nối liền một dải. Trong bối cảnh vừa thoát khỏi chiến tranh, ngành Hàng hải nước nhà gặp vô vàn khó khăn, đòi hỏi phải tổ chức lại sản xuất, đẩy mạnh đầu tư, tích cực ứng dụng các tiến bộ khoa học-kỹ thuật vào sản xuất; mở rộng liên doanh liên kết với các địa phương, với các ngành trong và ngoài nước.

Từ năm 1977, Việt Nam bắt đầu tham gia hội nghị Luật Biển quốc tế và ngày càng quan tâm đến quá trình phát triển của Luật Biển, kể cả tham gia soạn thảo Công ước Luật Biển. Ngày 29/01/1980, Hội đồng Chính phủ ra Nghị định 30-CP về quy chế cho tàu, thuyền nước ngoài hoạt động trên vùng biển Việt Nam…

Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các hoạt động của Cục Vận tải đường biển ở miền Nam, Phân Cục Vận tải đường biển phía Nam được thành lập, có trách nhiệm trực tiếp quản lý 16 đơn vị của Ngành ở phía Nam.

Để đáp ứng với sự phát triển ngày càng rộng lớn của ngành Hàng hải, ngày 28/11/1978, Chính phủ ra Quyết định số 300 thành lập Tổng cục Đường biển Việt Nam trực thuộc Bộ Giao thông vận tải (GTVT), là tổ chức quản lý sản xuất kinh doanh chuyên ngành..., hoạt động theo chế độ hạch toán kinh tế, bao gồm các tổ chức, liên hiệp các xí nghiệp, xí nghiệp liên hợp, xí nghiệp sản xuất và sửa chữa, đại lý tàu biển Việt Nam. Với mô hình tổ chức Tổng cục, ngành Hàng hải nước nhà chuyển sang thời kỳ phát triển mới.

Giai đoạn này, Ngành đã mạnh dạn vay vốn đầu tư, phát triển thêm hàng vạn tấn phương tiện vận tải, đáp ứng được nhu cầu vận chuyển hành khách và hàng hóa ngày càng lớn. Đội tàu viễn dương từ chỗ hoạt động kinh doanh có hiệu quả ở khu vực các nước XHCN, đã vươn ra cập bến hầu hết các cảng trên thế giới, phát triển thêm nhiều tuyến vận tải viễn dương mới. Nhờ khai thác tốt các tuyến vận tải nước ngoài mà ngành Đường biển tiết kiệm cho Nhà nước hàng triệu đôla Mỹ do không phải thuê thuyền bộ người nước ngoài.

Thực hiện kế hoạch 5 năm (1976-1980), ngành Đường biển được Bộ GTVT giao cho nhiệm vụ xây dựng, mở rộng hệ thống cảng biển trên cả ba miền đất nước. Ngành Đường biển tiếp tục nghiên cứu dự án xây dựng cảng dầu, các cảng chuyên dụng.

Từ năm 1984, Tổng cục đã lãnh đạo toàn Ngành đẩy mạnh hoạt động kinh tế đối ngoại theo hướng liên doanh, liên kết, tăng cường quan hệ với nhiều quốc gia có truyền thống hàng hải. Công tác nghiên cứu khoa học trong giai đoạn này cũng bắt đầu được triển khai. Tổng cục Đường biển đã bắt tay vào việc soạn thảo Bộ luật HHVN từ năm 1985. Ngành Đường biển đã thực hiện thắng lợi nhiều chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước trong 5 năm (1981-1985). Thắng lợi nổi bật của Ngành là thanh toán được nợ, góp phần tích lũy cho Ngành và cho đất nước, nhanh chóng thực hiện chủ trương xây dựng và phát triển đội tàu vận tải viễn dương. Ngành là một trong những ngành kinh tế quan trọng, đi tiên phong trong việc tìm tòi cách làm ăn mới, từng bước xóa bỏ chế độ kế hoạch hóa, thiết lập cơ chế mới trong quản lý sản xuất và kinh doanh; chuyển đổi từ một đơn vị hành chính kinh tế thành liên hiệp các xí nghiệp kinh doanh hạch toán kinh tế trên phạm vi cả nước.

Tiếp thu quan điểm đổi mới của Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI của Đảng, ngành Đường biển đẩy mạnh quá trình đổi mới, nhất là đổi mới tư duy kinh tế và cơ chế tổ chức. Từ thực tiễn hoạt động, lãnh đạo Tổng cục Đường biển đã mạnh dạn trình bày phương pháp kinh doanh tự trang trải, Bộ GTVT và Nhà nước đã chấp nhận phương án này. Đến ngày 14/5/1990, Hội đồng Bộ trưởng ra quyết định thành lập Liên hiệp Hàng hải Việt Nam. Từ đây các đơn vị thành viên được gọi là các xí nghiệp thành viên do Liên hiệp quản lý điều hành theo kế hoạch của Bộ.

Liên hiệp Hàng hải Việt Nam ra đời với chức năng là tổ chức sản xuất kinh doanh, đồng thời được Bộ GTVT ủy quyền tham mưu giúp Bộ thực hiện một số nhiệm vụ quản lý Nhà nước chuyên ngành trong phạm vi cả nước.

Năm 1990, Quốc hội thông qua Bộ luật Hàng hải Việt Nam, một Bộ luật chuyên ngành đầu tiên của nước ta, thể hiện tư duy quản lý Nhà nước bằng pháp luật đối với ngành Hàng hải. Nắm bắt thời cơ, Liên hiệp kịp thời đưa ra mô hình tổ chức cảng vụ, hoa tiêu, kịp thời hỗ trợ lãnh đạo chỉ đạo sản xuất có hiệu quả, đồng thời tạo cho Ngành bước đầu có những kinh nghiệm nhất định trong quản lý Nhà nước chuyên ngành.

Thời gian này, các công ty liên doanh lần lượt ra đời và hoạt động tương đối hiệu quả: Công ty Vận tải Hải Âu, Công ty Vận tải Hải Yến, Gematrans, Gemasa…

Ngày 12/7/1991, Ngân hàng TMCP Hàng hải Việt Nam ra đời.

Bằng Nghị định 239/HĐBT ngày 29/6/1992, Cục Hàng hải Việt Nam được thành lập, tách hầu hết các nhiệm vụ quản lý sản xuất kinh doanh, tập trung làm công tác quản lý Nhà nước chuyên ngành Hàng hải trên phạm vi cả nước. Ông Trần Xuân Nhơn được cử làm Cục trưởng Cục HHVN.

Việc thành lập Cục Hàng hải đã mở ra một bước ngoặt mới, có ý nghĩa rất quan trọng đối với sự tồn tại, phát triển ngành Đường biển Việt Nam. Như vậy, ngành Đường biển đã mở rộng, phát triển trên quy mô lớn đòi hỏi sự quản lý Ngành theo pháp luật Nhà nước để hòa nhập với hoạt động hàng hải khu vực và quốc tế. Cũng từ đây, lần đầu tiên trong lịch sử, nhiều văn kiện của Trung ương Đảng, Chính phủ, các cơ quan nhà nước đặt vấn đề xây dựng Việt Nam thành một quốc gia hùng mạnh về biển.

Ngày 02/02/1993, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 31-TTg về việc ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Cục HHVN.

Lúc này, Cục quản lý 50 cảng với 10.000m cầu tàu; số doanh nghiệp vận tải từ 10 đơn vị tăng lên 130 đơn vị; hệ thống dịch vụ hàng hải với vốn đầu tư cho mỗi doanh nghiệp không lớn song cũng phát triển nhanh chóng.

Vận dụng sáng tạo đường lối xây dựng nền kinh tế nhiều thành phần hoạt động theo cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước, ngành Hàng hải từng bước quy tụ về Ngành nhiều thành phần kinh tế khác nhau, làm tăng tấn trọng tải đội tàu quốc gia thêm 42%, 43% tổng chiều dài cầu bến.

Đánh giá ngành Hàng hải là một ngành kinh tế mũi nhọn, ngày 06/5/1993, Bộ Chính trị ra nghị quyết về một số vấn đề phát triển kinh tế biển trong những năm trước mắt. Đây là nghị quyết đầu tiên trong lịch sử các ngành, các địa phương về xây dựng và phát triển kinh tế biển. Để thực hiện phương hướng phát triển kinh tế biển, ngành Hàng hải đề ra kế hoạch thực hiện biện pháp đồng bộ để xây dựng phát triển hệ thống cảng biển, đội tàu, dịch vụ hàng hải, tổ chức một cách hợp lý việc quản lý các cảng biển, phân biệt rõ giữa quản lý về mặt Nhà nước với hoạt động kinh doanh của các hãng vận tải biển, phát triển các đội tàu viễn dương, tàu cận hải.

Cục HHVN xây dựng hệ thống 12 cảng vụ trong cả nước làm đại diện cho Cục thực hiện pháp luật của Nhà nước trong hệ thống cảng biển Việt Nam. Công tác thanh tra an toàn hàng hải cũng được triển khai mạnh mẽ. Chính vì vậy bước đầu lập lại trật tự kỷ cương trong hoạt động ở các bến cảng, vận tải, công nghiệp sửa chữa đóng mới, dịch vụ, môi giới hàng hải, góp phần đáng kể vào nhiệm vụ chống buôn lậu trên hành lang biển rộng lớn.

Nhiệm vụ quan trọng hàng đầu mà ngành Hàng hải tích cực triển khai là quy hoạch hệ thống đảo đèn nhằm đảm bảo an toàn hàng hải và góp phần bảo đảm an ninh quốc phòng trên biển. Hải đăng Song Tử Tây trên quần đảo Trường Sa được đưa vào khai thác tại thời điểm này. Ngành cũng tiếp nhận tốt các đài duyên hải, đảm nhận chính thức nhiệm vụ tìm kiếm, cứu nạn trên biển; tham gia soạn thảo các hiệp định hàng hải, tham mưu cho Nhà nước phê chuẩn việc tham gia các tổ chức hàng hải quốc tế, bảo vệ quyền lợi hàng hải quốc gia theo pháp luật; đồng thời kêu gọi vốn đầu tư trong và ngoài nước để mau chóng tăng cường cơ sở vật chất kỹ thuật của Ngành.  

Theo đề xuất của các doanh nghiệp, Cục Hàng hải đề nghị và được Nhà nước chấp nhận cho thành lập các hiệp hội trong ngành Hàng hải như Hiệp hội Cảng biển Việt Nam, Hiệp hội Chủ tàu Việt Nam, Hiệp hội Đại lý và Môi giới Hàng hải Việt Nam, Hiệp hội Giao nhận Kho vận...

Bằng Quyết định số 91/1996/QĐ-TTg ngày 22/4/1996 của Thủ tướng Chính phủ, Tổng công ty Hàng hải Việt Nam được thành lập trực thuộc Chính phủ, là doanh nghiệp nhà nước có vai trò chủ đạo trong ngành Hàng hải Việt Nam. Có thể nói đây là thời điểm quan trọng về mặt tổ chức và thể chế của ngành Hàng hải, thời điểm mở rộng hội nhập kinh tế quốc tế, thực hiện công nghiệp hóa, hiện đại hóa. Như vậy, từ năm 1996, trong hoạt động của ngành Hàng hải đã hình thành hai tổ chức với chức năng khác nhau căn bản: Cục Hàng hải Việt Nam chịu trách nhiệm quản lý Nhà nước chuyên ngành Hàng hải; Tổng công ty Hàng hải Việt Nam hoạt động sản xuất kinh doanh.

Sau 13 năm thực hiện Bộ luật Hàng hải Việt Nam đã bộc lộ nhiều thiếu sót, đòi hỏi phải được sửa đổi bổ sung. Ngày 14/6/2005 tại kỳ họp thứ 7, Quốc hội nước Cộng hòa XHCN Việt Nam khóa XI đã thông qua Bộ luật Hàng hải Việt Nam sửa đổi (Bộ luật HHVN 2005), có hiệu lực thi hành từ 01/01/2006.

Hội nghị BCH Trung ương Đảng lần thứ 4 (khóa X) năm 2007 đã thông qua Nghị quyết 09/2007/NQ-TW về ban hành Chiến lược biển Việt Nam đến năm 2020, trong đó xác định một trong những mục tiêu quan trọng là đến năm 2020 “phấn đấu đưa nước ta trở thành một quốc gia mạnh về biển và làm giàu từ biển”. Nghị quyết đã đề ra các mục tiêu cơ bản đối với kinh tế hàng hải và chỉ rõ nhiệm vụ trọng tâm của ngành Giao thông vận tải trong kinh tế biển; cụ thể đã xác định lấy kinh tế hàng hải làm yếu tố đột phá để thúc đẩy phát triển nhanh, bền vững kinh tế biển, góp phần bảo đảm chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán quốc gia về biển, đảo. Nghị quyết cũng nêu rõ định hướng chiến lược phát triển kinh tế-xã hội đến năm 2020 phát triển kinh tế hàng hải đứng vị trí thứ hai sau khai thác chế biến dầu khí và các loại khoáng sản; sau 2020 đứng vị trí thứ nhất ưu tiên phát triển trong 5 ngành kinh tế biển.

Ngày 20/02/2009, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 26/2009/QĐ-TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục HHVN, trực thuộc Bộ GTVT.

Cục HHVN đã xây dựng hệ thống 24 cảng vụ hàng hải trên cả nước nhằm tăng cường công tác quản lý nhà nước chuyên ngành, bảo đảm an toàn-an ninh hàng hải và bảo vệ môi trường biển. Cục cũng đang lập kế hoạch xây dựng và triển khai thực hiện chương trình cụ thể để vào năm 2015 Việt Nam ứng cử và trở thành thành viên của Hội đồng IMO ở Nhóm C. Thời gian tới sẽ tiếp tục tổ chức đăng cai các hội nghị Tokyo MOU, hội nghị Diễn đàn các nhà lãnh đạo Cơ quan hàng hải châu Á-Thái Bình dương.

Gần đây, hệ thống cảng biển Việt Nam trong đó có cảng cửa ngõ quốc tế, cảng ở các vùng kinh tế trọng điểm, cảng trung chuyển được quan tâm ưu tiên đầu tư phát triển. Các cảng tổng hợp và cảng container trên sông Cái Mép - Thị Vải tại Bà Rịa - Vũng Tàu đã được xây dựng và đưa vào vận hành khai thác có khả năng tiếp nhận cỡ tàu có trọng tải đến 150.000 DWT. Bước đầu hàng hóa Việt Nam đã được vận chuyển thẳng đến hai bờ Đông, Tây nước Mỹ và các nước Tây Âu không phải trung chuyển qua các cảng của nước thứ ba, giảm chi phí vận tải, tăng sức cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam đồng thời làm tiền đề cho dịch vụ trung chuyển hàng hóa phục vụ các nước trong khu vực. Ngoài ra, ngành Hàng hải đang khởi động dự án Cảng trung chuyển container quốc tế tại Vân Phong (Khánh Hòa), dự án đầu tư xây dựng Cảng cửa ngõ quốc tế Hải Phòng tại Lạch Huyện theo phương thức hợp tác công tư (PPP), dự án đầu tư xây dựng luồng tàu vào các cảng trên sông Hậu để mở đường ra biển cho hàng hóa Đồng bằng sông Cửu Long thông thương với các nước…

Tính đến tháng 12/2010, tổng trọng tải đội tàu biển quốc gia đã đạt con số 6,5 triệu DWT. Đặc biệt, số tàu dầu và tàu container tăng khá nhanh.[2]